Die Burgruine wurde im Jahre 1005 zum ersten Mal urkundlich erwähnt. Ausgrabungen deuten allerdings darauf hin, dass das Gebiet schon vor dem Jahr 950 besiedelt war. Zum Zeitpunkt der ersten Nennung gehörte das Gebiet dem bayerischen Herzog, der es um 1009 dem Bischof von Bamberg schenkte.
Der vom Bischof eingesetzte Verwalter - der sogenannte "Ministeriale" - erbaute Mitte des 11. Jahrhunderts dann zum Schutz des Gebietes die Burg Winzer und nannte sich "Winzerer". Die Winzerer wurden ab 1230 adelige Ritter, das Geschlecht der Winzerer starb im Jahre 1324 aus.
Bis 1588 war die Burg im Besitz der Puchberger. Hartlieb I. war ein sehr angesehenster und mächtigster Ritter. Von 1558 - 1603 herrschte auf der Burg das Geschlecht der Schwarzenberger. Ott Heinrich von Schwarzenberg war unter allen Herren von Winzer der mächtigste und reichste Ritter. Unter ihm erreichte die Herrschaft Winzer die größte Ausdehnung. Er ließ auch die Burg prächtig ausstatten.
Der österreichische Erbfolgekrieg brachte der stolzen Burg das Ende. Ungarische Husaren unter der Führung des Pandurenführers Freiherr von der Trenk sprengten die Burg am 1. Nov. 1744 in die Luft.
Im 19. Jh. wurde der Rest der Burg als Steinbruch für die alte Donaubrücke in Vilshofen und für andere umliegende Bauten verwendet. König Ludwig I. stellte die Ruine schließlich unter Denkmalschutz.
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